لذلك، في إطار جهوده لتأسيس الفلسفة على أساس يقيني، ابتكر ديكارت ما عُرف بالمنهج الشكي. هذا المنهج، برأيه، هو منهج كليّ، بمعنى أنه يطبّق كلياً على كل ما يمكن الشك فيه. وهو منهجي، بمعنى أنه يمارس، لا من أجل الشك بحدّ ذاته، بل كمرحلة تمهيدية للتوصل إلى اليقين، وللتمييز بين ما هو صادق وما هو كاذب، وبين ما هو يقيني وما هو محتمل.